五十三团金胡杨镇位于塔克拉玛干沙漠西北边缘,地处叶尔羌河下游和古喀什噶尔河下游冲积平原上,西距喀什地区巴楚县城100千米,东距阿克苏市180千米。团镇南与五十团夏河镇接壤,北以古喀什噶尔河及柯坪山前平原的克孜塔木为界,西与五十一团唐驿镇毗邻,东面为原始胡杨林和沙漠腹地。西北高,东南低,西部坡降大,东部比较平缓。
五十三团团部驻地金胡杨镇,团镇河沟较多,大多已干涸,突来买提河从团镇中部穿过,将团镇分割为两个区域:北为皮恰克松地片区,南为库木鲁克和阿克塔木吉克片区。皮恰克松地片区地势起伏大,自然冲沟多,地表切割严重,生长大面积的次生胡杨林和红柳灌木丛,在干涸的古喀什噶尔河两岸平原上和沙包间生长着茂盛的胡杨;库木鲁克地区地势平坦,大部分为沙壤土和黏土层;阿克塔木吉克片区毗邻五十团夏河营东北部,有起伏不断的沙丘和胡杨林地,是发展畜牧业的理想场所;东南部是连绵不断的沙丘,阻挡农业发展的进程;北面土壤多为沙壤土和轻质盐土,纯黏土少。团镇的农业连队分布在突来买提河南北两岸。辖区野生动物较多,兽类有狐狸、野兔、黄羊、野猪、黄鼠狼、刺猬、水老鼠等数十种。野生植物有胡杨、灰羊、白杨、柳、槐、白蜡、红柳等数十种。秋季的原始胡杨林一片金黄,风光迷人。